Việc truyền đạo Kitô đầu tiên được biết đến ở Campuchia được tiến hành bởi Gaspar da Cruz, một thành viên Bồ Đào Nha của Dòng Anh Em Giảng Thuyết, trong những năm 1555-1556. Theo tài khoản riêng của ông, hành trình này đã thất bại hoàn toàn; ông tìm thấy đất nước được điều hành bởi một "Brahman" vua và các "Brahman" quan chức, và phát hiện ra rằng "những Brahman này là những người khó khăn nhất để chuyển đổi". Ông cảm thấy rằng không ai dám cải đạo nếu không có sự cho phép của nhà vua, và rời bỏ đất nước trong sự thất vọng, không có "rửa tội cho hơn một người ngoại đạo mà tôi để lại trong mộ".[5]

Mặc dù bị Pháp đô hộ vào thế kỷ 19, Kitô giáo ít ảnh hưởng đến đất nước này. Năm 1972 có khoảng 20.000 Kitô hữu ở Campuchia, phần lớn là Công giáo Rôma. Trước khi người Việt Nam hồi hương vào năm 1970 và 1971, có thể khoảng 62.000 Kitô hữu sống ở Campuchia. Theo thống kê của Vatican, vào năm 1953, các thành viên của Giáo hội Công giáo Rôma ở Campuchia đã lên tới 120.000 người, làm cho thời đó là tôn giáo lớn thứ hai; ước tính cho thấy khoảng 50.000 người Công giáo là người Việt Nam. Nhiều người Công giáo ở lại Campuchia năm 1972 là người châu Âu - chủ yếu là người Pháp; và vẫn còn, trong số những người Công giáo Campuchia là người da trắng và người Âu Á gốc Pháp. Steinberg báo cáo, cũng vào năm 1953, rằng một phái đoàn Mỹ Unitarian duy trì một trường đào tạo giáo viên ở Phnom Penh, và các phái đoàn Baptist hoạt động ở Battambang và Siem Reap. Một sứ mệnh của Cơ đốc giáo và Truyền giáo được thành lập tại Campuchia vào năm 1923; đến năm 1962 sứ mệnh đã chuyển đổi được khoảng 2.000 người.

Hoạt động truyền giáo Tin Lành Hoa Kỳ tăng lên ở Campuchia, đặc biệt là trong số những người dân tộc vùng cao và người Chăm, sau khi thành lập nước Cộng hoà Khmer. Cuộc điều tra dân số năm 1962, báo cáo có 2.000 người Tin lành ở Campuchia, vẫn là thống kê gần đây nhất cho nhóm. Năm 1982, nhà địa lý người Pháp Jean Delvert báo cáo rằng có ba làng Cơ đốc tồn tại ở Campuchia, nhưng ông không cho biết số lượng, địa điểm, hoặc giáo phái nào trong số họ. Các nhà quan sát cho biết vào năm 1980 có nhiều Kitô hữu Khmer hơn trong số những người tị nạn ở các trại ở Thái Lan hơn cả Campuchia trước năm 1970. Kiernan lưu ý rằng, cho đến tháng 6 năm 1980, năm buổi lễ Tin Lành hàng tuần được một mục sư Khmer tổ chức, bị giảm xuống còn một buổi lễ hàng tuần, sau khi bị cảnh sát quấy rối. Ước tính của ông cho thấy vào năm 1987, cộng đồng Kitô hữu ở Campuchia đã bị thu hẹp chỉ còn vài nghìn thành viên.[6]

Các giáo phái Tin Lành khác nhau đã báo cáo mức tăng trưởng rõ rệt từ những năm 1990, và theo một số ước tính hiện tại, Kitô hữu chiếm 2-3% dân số Campuchia.[7][8]

Có khoảng 20.000 người Công giáo ở Campuchia, chiếm 0,15% tổng dân số. Không có giáo phận, nhưng có ba khu vực pháp lý - một Đại diện Tông Tòa và hai Phủ doãn Tông Tòa. Giáo hội các Thánh hữu Ngày sau của Chúa Giê Su Ky Tô (còn gọi là Giáo hội Mặc Môn) có dân số ngày càng gia tăng ở Campuchia. Chủ tịch Hội thánh, Gordon B. Hinckley, đã chính thức giới thiệu tác phẩm truyền giáo tới Campuchia vào ngày 29 tháng 5 năm 1996.[9] Nhà thờ hiện có 31 giáo đoàn (27 ngôn ngữ Khmer và ba ngôn ngữ tiếng Việt, và một quốc tế).